Unidad de Genómica Avanzada (UGA)

La Unidad de Genómica Avanzada (UGA) ofrece servicios especializados en análisis genómicos de alta complejidad, con un enfoque en tecnologías de secuenciación de nueva generación, como la secuenciación de lecturas largas (Long-read sequencing), y estudios transcriptómicos a nivel de célula individual (Single Cell RNA-sequencing). Nuestro objetivo es apoyar proyectos de investigación biomédica y biotecnológica mediante el acceso a plataformas de vanguardia y asesoría experta en el diseño y ejecución de experimentos genómicos.

Nuestros servicios y tecnologías están disponibles para toda la comunidad científica y centros de investigación públicos y privados.

Equipos disponibles:

Chromium X (10x Genomics)

Plataforma de microfluídica de alto rendimiento diseñada para realizar análisis de transcriptómica de célula individual (single-cell RNA-seq), así como otras aplicaciones como single cell ATAC-seq, análisis de multiomica (RNA + ATAC), y perfiles de células B y T.

Características clave:

• Alta capacidad de procesamiento (hasta 20.000 células por muestra y hasta 8 muestras en paralelo)
• Alta resolución para capturar la heterogeneidad celular.
• Amplia compatibilidad con diferentes tipos de tejidos y células.

El análisis de transcriptómica de célula individual se aplica al estudio de diversidad celular y estados funcionales celulares, caracterización de tejidos complejos, descubrimiento de biomarcadores y dianas terapéuticas, análisis de respuesta inmune y desarrollo celular entre otras aplicaciones.

PromethIon P2 Solo (Oxford Nanopore Technologies)

Plataforma de secuenciación de alto rendimiento basada en tecnología de nanoporos, que permite lecturas ultralargas en tiempo real. Este secuenciador permite ejecutar dos celdas de flujo en paralelo, generando hasta aproximadamente 200 Gb de datos por experimento. La plataforma es ideal para estudios de genomas completos, epigenómica y transcriptómica de longitud completa. Entre las posibles aplicaciones, encontramos el ensamblado de novo de genomas complejos, la detección de variantes estructurales, el estudio de transcritos completos y splicing alternativo, el análisis de metilación directa del DNA, la metagenómica.

MinIon Mk1C (Oxford Nanopore Technologies)

Secuenciador portátil e integrado que combina lectura de nanoporos con capacidad computacional local, ideal para proyectos más pequeños o para análisis rápidos en campo o laboratorio. El MinIon Mk1C dispone de una interfaz intuitiva y autonomía total (sin necesidad de equipo adicional). Como todas las plataformas de Oxford Nanopore Technologies, permite la obtención de lecturas largas en tiempo real, con análisis inmediatos. El MinIon Mk1C es ideal para secuenciación rápida en condiciones de campo o ambientes clínicos, identificación de patógenos, estudio de transcritos largos y estructuras génicas, aplicaciones educativas o piloto para desarrollo metodológico.

TapeStation 4150 (Agilent Technologies)

Sistema automatizado para la evaluación de la calidad e integridad de ácidos nucleicos (RNA y DNA) mediante electroforesis capilar en chip. Este equipo permite realizar una evaluación rápida y precisa en volúmenes bajos (1-2 ul de muestra) y analizando hasta 16 muestras en paralelo en un tiempo de 1-2 minutos por muestra. Su software es muy intuitivo y permite realizar una rápida interpretación de resultados. Entre las posibles aplicaciones, encontramos el control de calidad de RNA/DNA previo a la secuenciación o PCR, comparación de integridad entre muestras, validación de bibliotecas de secuenciación.

Countess 3 FL (Thermo Fisher Scientific)

Contador automático de células con capacidad de imagen en campo claro y fluorescencia, que permite cuantificar células y evaluar su viabilidad con alta precisión. Este contador permite realizar una cuantificación rápida y reproducible del número de células o núcleos. Además, está dotado de un sistema de detección de fluorescencia para identificar subpoblaciones celulares o marcadores específicos. Es compatible con tinciones como Trypan Blue, Sybr Green, Propidium Iodide, entre otras. Es una herramienta muy útil para la preparación y control de calidad para experimentos de secuenciación de célula individual, la evaluación de viabilidad celular en cultivos o tejidos primarios, la identificación de poblaciones específicas mediante marcadores fluorescentes.

Equipo

Encargada de UGA: Dra. Domenica Marchese

Equipo Académico: Dr. Vinicius Maracaja-Coutinho

Contacto

Teléfono: +56229781686

E-mail: uga.lib@ciq.uchile.cl

Dirección: Olivos 1007, Independencia. Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas Uchile, Edificio Luis Ceruti, quinto piso.