.jpg)
Primera jornada
El pasado martes 29 de julio, la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas de la Universidad de Chile fue sede del Workshop “Unlocking Genomic Insights through Oxford Nanopore Data Analysis”, una instancia práctica y colaborativa orientada al análisis de datos genómicos generados, mediante tecnologías de secuenciación por nanoporos. La actividad fue organizada por Bioquímica.cl, quienes son los representantes oficiales de Oxford Nanopore Technologies (ONT) en Chile, con la colaboración local de la Prof. Jenny Fiedler, académica adscrita al Departamento de Bioquímica y Biología Molecular, y usuaria de esta tecnología en estudios de epitranscriptómica, y Nicolás Palacios, estudiante del Magíster en Bioquímica. El objetivo fue fortalecer las capacidades técnicas en genómica y bioinformática, utilizando como ejemplo workflows de análisis de genomas bacterianos y metagenómica.
El taller fue impartido por Rob Herbert, especialista en bioinformática de Oxford Nanopore Technologies, y contó con el apoyo de Valeria Salgado Kasic (FAS, Field Application Specialist) y Valentina Neira, ambas de Bioquímica.cl, quienes facilitaron la implementación logística del evento. La jornada incluyó una capacitación intensiva en herramientas analíticas como la plataforma EPI2ME, destacando el potencial de esta tecnología para la investigación genómica.
Herbert destacó que esta tecnología representa el futuro de la genómica por su capacidad de secuenciar moléculas de ADN y ARN de forma directa, permitiendo obtener tanto lecturas largas como cortas, además de identificar modificaciones moleculares relevantes para estudios de epigenética, regulación génica y señalización celular. Subrayó que uno de los principales focos actuales está en el ámbito académico, donde se utiliza ampliamente para la detección de patógenos, el monitoreo de brotes y el estudio de enfermedades infecciosas desde una perspectiva genómica.
“Actualmente, la academia ha mostrado un interés especial en las aplicaciones microbianas. Muchos usuarios están utilizando la secuenciación por Nanopore para la detección rápida de patógenos, el monitoreo de brotes y el uso de la genómica para ayudarnos a comprender mejor lo que sucede en las enfermedades infecciosas”, recalcó.
Al finalizar, los participantes recibieron un certificado por su participación activa.
Participación diversa y proyección nacional
El taller contó con la participación de 18 asistentes, entre ellos/as investigadores/as, profesionales y estudiantes provenientes de diversas instituciones académicas y del sector privado. Además de representantes de la Universidad de Chile, asistieron profesionales de empresas, como Smart Genetics, Gaido Consultores y Laboratorio AySLab, así como integrantes de centros de investigación como Austral-omics y el Centro de Biotecnología de Sistemas. También estuvieron presentes investigadores del Laboratorio de Microbiología de la Universidad Católica del Maule, del Laboratorio de Genética Molecular de la Universidad de Santiago de Chile y de la Universidad del Bío-Bío.
También participó Paola Florez de Sessions, directora asociada de Servicios Técnicos para Latinoamérica y Canadá en ONT, quien subrayó la rápida expansión de la plataforma en la región. Compartió su experiencia de trabajo en Singapur, donde aplicó secuenciación directa de RNA con Nanopore para caracterizar las distintas fases de la enfermedad causada por el virus del dengue, y destacó la versatilidad de ONT en protocolos como ARTIC para SARS-CoV-2 y en análisis de metilación y estructura viral. Estas aplicaciones confirman a ONT como una herramienta de amplio espectro, útil desde la investigación básica hasta la salud pública.
Este taller marcó una antesala clave para el gran evento: el Oxford Nanopore Day, Santiago 2025, que se llevó a cabo el jueves 31 de julio, y reunió a la comunidad científica en torno a los últimos avances de la secuenciación con la tecnología.
Oxford Nanopore Day (Santiago, 2025)
Ni la lluvia detuvo el entusiasmo de investigadoras, investigadores y estudiantes que llegaron a la Facultad para participar en la segunda edición del Oxford Nanopore Day en Chile, organizado por ONT junto a Bioquímica.cl, empresa liderada por el egresado de nuestra Facultad, Matías Gutiérrez.
Este evento reunió a cerca de 200 asistentes de todo el país, oradores/as nacionales e internacionales, para compartir aplicaciones, avances y proyecciones de una de las tecnologías más innovadoras del mundo en secuenciación de ADN y ARN. Dentro de ellos destacan Esmeralda García, Rob Harbert y Paola Florez de Sessions (ONT; introducción a la plataforma, soluciones bioinformáticas y soporte técnico), Wladimir Corrales (Harvard Medical School / Massachusetts General Hospital; epitranscriptómica), Paula Saffie (Clínica Santa María; diagnóstico genético), Andrés Santos (Universidad de la Frontera; genómica microbiana) y Alexis Gaete (Pontificia Universidad Católica / Instituto Milenio CRG; microbiomas vegetales).
En ese contexto, el decano, Prof. Pablo Richter, señaló en sus palabras de bienvenida al inicio del evento que: "La ciencia es el motor del desarrollo: transforma sociedades, mejora vidas y amplía la capacidad de enfrentar desafíos futuros. Por eso, eventos como el Oxford Nanopore Day, que hoy acogemos en nuestra Facultad, reflejan nuestro compromiso con la ciencia y tecnología, el diálogo interdisciplinario y la creación de redes que fortalecen el quehacer científico nacional".
Voces que lo hicieron posible
Jenny Fiedler, académica:
La Prof. Jenny Fiedler, explicó que la alianza con Oxford Nanopore Technologies surgió de manera natural, a partir del trabajo que su equipo ha venido realizando con esta tecnología desde hace más de un año y medio. Destacó las ventajas de la tecnología Oxford Nanopore, como la capacidad de realizar secuenciación de long reads sin necesidad de fragmentar y ensamblar, lo que ofrece lecturas más completas y precisas. Esta tecnología está disponible en la Facultad gracias a la reciente creación de una unidad especializada, que ofrece este servicio y facilita su uso a través de beneficios internos.
También subrayó la importancia de establecer vínculos entre la investigación básica y la clínica, un área en la que Chile aún debe avanzar. Finalmente, en su rol como formadora, expresó confianza en que estudiantes y egresados continuarán desarrollando esta línea de investigación, como ya lo están haciendo algunos que hoy cursan postgrados fuera del país.
Valentina Neira, Bioquímica.cl:
“Estoy muy contenta de que el Nanopore Day 2025 haya sido un total éxito. Es una alegría ver cómo la comunidad científica crece en torno a tecnologías innovadoras como la secuenciación, y espero que estas instancias sigan impulsando la colaboración, el aprendizaje y el desarrollo de más ciencia en nuestro país”, dijo.
Matías Gutiérrez, egresado de la Facultad y CEO Bioquímica.cl
“Desde el comienzo de nuestra relación con Oxford Nanopore, hemos trabajado estrechamente con esta Facultad. Ese trabajo colaborativo nos ha traído hasta hoy: celebrar aquí el Nanopore Day Santiago, segunda versión del evento en Chile, y nos llena de orgullo que haya sido en nuestra casa de estudios. Ha sido una jornada muy provechosa. No solo aprendimos sobre las aplicaciones actuales de esta tecnología, sino también sobre hacia dónde se dirige en el futuro. El equipo de Oxford Nanopore nos compartió avances muy emocionantes, como la posibilidad de secuenciar proteínas próximamente”, sostuvo.
“Este tipo de eventos son una gran oportunidad para nutrirnos de conocimiento, generar redes y mantenernos conectados como país, universidad y comunidad científica con el desarrollo de tecnologías de frontera. La secuenciación de ADN, ARN y, en un futuro cercano, de proteínas, marcará sin duda el rumbo de muchas investigaciones de vanguardia”, concluyó.
Al cierre de la jornada, la Prof. Fiedler expresó su entusiasmo por los avances presentados por Oxford Nanopore, especialmente las actualizaciones tecnológicas y las nuevas metodologías en desarrollo. También valoró la diversidad de enfoques presentes en las exposiciones, desde aplicaciones médicas para el diagnóstico de patologías hasta investigaciones sobre microbiomas que buscan mejorar la resiliencia de cultivos, como en el caso del tomate. “Esta variedad de perspectivas enriqueció enormemente la jornada y reafirmó el valor de la interdisciplinariedad en la investigación científica”, finalizó la académica.
