Nextflow en español: Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas recibe taller internacional de bioinformática

Entre el 24 y 26 de septiembre, la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacéuticas acogió un taller intensivo de Nextflow, una plataforma para la bioinformática, con el propósito de capacitar a estudiantes y académicos en el diseño y ejecución de pipelines para el análisis de datos científicos. La actividad, organizada por la Unidad de Genómica Avanzada (UGA) y patrocinada por Seqera a través del programa Nextflow Ambassador, permitió una experiencia inédita de internacionalización y colaboración académica.

El taller se desarrolló en la Sala de Computación del Espacio Triestamental, durante tres jornadas consecutivas:

• 24 de septiembre (10:00 – 12:30 hrs): Introducción a Nextflow y orquestadores de flujos de trabajo.
   
• 25 de septiembre (14:00 – 16:30 hrs): Procesos, canales, operadores, dependencias y configuración.
   
• 26 de septiembre (14:00 – 16:30 hrs):  Introducción a nf-core e herramientas de soporte de Nextflow: Seqera Cloud y Seqera Containers.

El curso fue impartido por João Cavalcante, estudiante del programa de Doctorado en Bioinformática de la Universidad Federal do Rio Grande do Norte (Brasil), afiliado al Dalmolin Systems Biology Group; bioinformático e Nextflow Ambassador. Si bien, es la tercera vez que imparte este curso, fue la primera vez que lo dictó en español, marcando un hito en su trayectoria docente.

“Me pareció que los participantes entendieron mucho. Había personas con backgrounds muy distintos, desde bioquímica hasta quienes recién comienzan a programar. Fue una buena oportunidad para aprender a usar estas herramientas”, comentó Cavalcante tras la primera jornada.

Durante el taller, los participantes se familiarizaron con los fundamentos de Nextflow, el diseño y modificación de procesos, y la codificación de pipelines a través de ejemplos prácticos que permitieron nivelar conocimientos. “Siento que todos quedaron habilitados para empezar a diseñar nuevos pipelines y códigos con Nextflow. Todos preguntaron mucho, aprendieron bastante y al final la evaluación mostró que quedaron muy conformes. Fue un intercambio de conocimientos muy importante y bueno”, agregó el instructor.

Cavalcante expresó también su gratitud hacia quienes hicieron posible su participación: “Mi gratitud es muy grande para el Prof. Vinicius Maracaja, que me trajo aquí, y para la UGA que hicieron posible que yo viniera a impartir este curso”.

En cuanto a su experiencia en Chile, destacó la calidez de la comunidad: “Me gustó muchísimo. Los chilenos son personas muy cálidas, me gustó mucho conocer a quienes participaron en el curso. Agradezco también al estudiante de Doctorado en Bioquímica, Sebastián Urquiza, que me ayudó con la organización”.

De esta forma, la actividad finalizó siendo valorada por los asistentes. Carolina Curiqueo, estudiante del programa de Magíster en Bioquímica de la Facultad, señaló: “Yo trabajo diariamente con un lenguaje de programación, y Nextflow es bien popular en la comunidad. Es súper interesante aprender algo que puedo aplicar en mi día a día. La clase con Joao estuvo súper buena, sabe bastante y es muy interactivo al explicar”, relató la estudiante, quien paralelamente desarrolla su labor en bioinformática en la Universidad Andrés Bello.

La Facultad vivió una experiencia inédita, ya que se enfocó en el aprendizaje colaborativo, la internacionalización y las competencias en herramientas avanzadas para el análisis de datos científicos, reuniendo a participantes interesados en la aplicación de la bioinformática en distintos ámbitos de la investigación.